转录组研究 全转录组测序

全转录组测序
编码与非编码RNA全景解析

通过去rRNA + 链特异性建库,一次测序同时获得mRNA、lncRNA、circRNA多维度转录组信息,结合ceRNA调控网络分析,系统解析非编码RNA调控机制

4类RNA
mRNA/lncRNA/circRNA/miRNA
链特异性
保留转录方向
ceRNA
调控网络构建
三级分析
标准/高级/定制
Whole Transcriptome mRNA / lncRNA / circRNA / miRNA
mRNA lncRNA circRNA miRNA ceRNA Regulatory Network
四类RNA全景解析
ZKPR-TRN-012
ceRNA调控网络
产品概述

全转录组测序 · 编码与非编码RNA全景解析

全转录组测序(Whole Transcriptome Sequencing, WTS)是对细胞内全部RNA分子进行高通量测序分析的技术,涵盖mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA四大类RNA分子。通过去rRNA + 链特异性建库,保留编码与非编码RNA,一次测序同时获得多维度转录组信息;结合ceRNA调控网络分析,系统解析非编码RNA的调控机制。

应用领域

基因表达调控网络

非编码RNA功能机制

ceRNA调控网络

疾病分子标志物筛选

发育分化机制

肿瘤进展机制

技术特点

一次建库 · 多维解析

链特异性建库保留转录方向信息,全面解析编码与非编码RNA

三类RNA同测

一次建库同时获得mRNA、lncRNA、circRNA三类信息,miRNA需单独小RNA文库。

链特异性建库

保留转录本方向信息,反义转录本鉴定更准确,转录组注释精度更高。

定量+新发现

既可基因/转录本水平定量,又可发现新转录本、可变剪接和融合基因。

ceRNA调控网络

可构建ceRNA调控网络,系统解析非编码RNA的调控机制与功能。

实验流程

标准化实验流程 · 全流程质量可控

1
总RNA提取
样本裂解纯化
2
去除rRNA
rRNA残留<5%
3
片段化与反转录
dUTP二链标记
4
建库扩增
UDG消化二链
5
质检与测序
高通量测序平台
6
生信分析
多维度信息分析
测序策略

灵活测序方案 · 匹配不同研究需求

根据研究目的与分析方向,推荐相应的数据量与建库方式

分析方向 推荐数据量 读长 建库方式
标准全转录组(mRNA+lncRNA) 10-12 G PE 150 去rRNA + 链特异性
含circRNA全转录组 12-15 G PE 150 去rRNA + RNase R + 链特异性
高深度定量+新转录本 15-20 G PE 150 去rRNA + 链特异性
小RNA测序(单独建库) 10-20M reads SE 50 小RNA专用建库

* 项目周期视项目而定,具体请咨询技术支持。

生信分析内容

多层次生信分析 · 从基础到高级

覆盖基础分析、mRNA深度分析、lncRNA分析、circRNA分析、ceRNA网络及小RNA分析六大模块

基础分析(必含)

原始数据质控与过滤
基因组比对
mRNA + lncRNA表达定量
样本相关性与PCA
样本聚类分析

mRNA深度分析

差异表达分析
GO/KEGG/Reactome/DO富集
GSEA富集分析
可变剪接分析(rMATS)
融合基因分析
新转录本预测

lncRNA分析

lncRNA鉴定与分类
lncRNA表达定量与差异
顺式(cis)功能预测
反式(trans)功能预测

circRNA分析

需RNase R文库
circRNA鉴定与注释
表达定量与差异分析
来源基因分析
双算法交叉验证

ceRNA调控网络

miRNA靶标预测
ceRNA网络构建
关键ceRNA筛选
功能模块分析

小RNA分析

单独建库
小RNA分类注释
miRNA鉴定与定量
差异miRNA分析
靶基因预测与功能富集
技术优势

七大技术优势 · 保障项目质量

01

成熟去rRNA方案

rRNA残留率稳定低于5%,多物种兼容,人/大小鼠/其他物种均适用。

02

链特异性建库

保留转录链方向信息,反义lncRNA鉴定更准确,转录组注释精度更高。

03

三重lncRNA筛选

CNCI / CPC / Pfam 三重编码潜能预测,假阳性低,lncRNA鉴定更可靠。

04

circRNA双算法

find_circ + CIRI2 双软件交叉验证,circRNA鉴定结果更准确可信。

05

一站式全流程

从RNA提取到全套信息分析,全流程闭环管理,无需多平台对接。

06

丰富项目经验

数千例项目经验,覆盖临床组织、细胞系、外泌体、FFPE等多种样本类型。

07

灵活分析方案

标准 + 高级 + 定制三级分析体系,可根据研究需求灵活组合分析内容。

样本要求

多种样本类型 · 严格质量标准

总RNA、细胞、组织、FFPE等多种样本类型均支持,严格质控保障实验质量

总RNA

推荐量:5 μg
最低量:2 μg
RIN ≥ 7(动物)
RIN ≥ 6.5(植物)

细胞样本

推荐:5×10^6 ~ 1×10^7
最低:1×10^6
需冻存管 / Trizol保存

组织样本

推荐量:100-200 mg
最低量:30-50 mg
液氮速冻后-80℃保存

FFPE样本

推荐:5-10张切片(10μm)
最低:3张切片
需评估样本质量

注意事项

  • ● 生物学重复:每组至少3个生物学重复,建议5个以上。
  • ● circRNA分析需双文库(去rRNA + RNase R),起始量加倍。
  • ● miRNA分析需单独送样建库,小RNA专用建库方法。
  • ● 特殊样本(外泌体、单细胞等)请提前咨询技术支持。
服务方案

三级分析体系 · 按需灵活选择

标准分析

涵盖基础质控、表达定量、差异分析与功能富集,满足常规研究需求。

数据质控与基因组比对
mRNA + lncRNA表达定量
差异表达分析
GO/KEGG功能富集
推荐

高级分析

在标准分析基础上增加lncRNA/circRNA深度分析、ceRNA调控网络等。

标准分析全部内容
lncRNA鉴定与功能预测
circRNA鉴定与差异分析
ceRNA调控网络构建
可变剪接/融合基因/新转录本

定制分析

根据研究课题深度定制,包括高级可视化、整合分析、专项算法开发等。

高级分析全部内容
高级定制化图表绘制
多组学整合分析
专项分析流程开发
一对一技术顾问支持
常见问题

FAQ 常见问题解答

Q1
全转录组测序和普通mRNA测序有什么区别?
普通mRNA测序通过Oligo(dT)富集polyA尾的mRNA,主要分析编码基因的表达。全转录组测序采用去rRNA建库方式,能够同时保留mRNA、lncRNA、circRNA等多种RNA类型,信息量更丰富,适合研究非编码RNA调控机制。
Q2
为什么要做链特异性建库?
链特异性建库可以保留转录本的链方向信息,对于鉴定反义lncRNA、确定转录本的真实转录方向非常重要。相比普通建库,链特异性建库的转录组注释精度更高,特别是在非编码RNA研究中具有显著优势。我们采用dUTP方法实现链特异性,方法稳定可靠。
Q3
ceRNA调控网络分析的内容是什么?
ceRNA(competing endogenous RNA,内源性竞争RNA)调控网络分析通过预测miRNA与mRNA、lncRNA、circRNA之间的靶向关系,构建以miRNA为核心的调控网络。分析内容包括:miRNA靶基因预测、ceRNA互作网络构建、关键ceRNA筛选(基于网络拓扑特征)、功能模块分析以及ceRNA轴的功能富集分析等,帮助解析非编码RNA在基因表达调控中的作用机制。
Q5
样本质量不达标可以测序吗?
对于RIN值偏低或降解程度较高的样本(如FFPE样本),我们会先进行样本质量评估,根据评估结果判断是否适合建库测序。对于部分降解样本,可以尝试使用低起始量或FFPE专用建库方案,但分析结果可能会受样本质量影响。建议在送样前与技术支持沟通,评估样本可行性。
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