基因组研究 全基因组测序

全基因组测序(WGS)
一站式检测与分析服务

全基因组覆盖 · 单碱基分辨率 · 多类型变异检测

30×+
测序深度
4大类
变异类型
99.9%
基因组覆盖
6+
样本类型
Whole Genome Sequencing 30× - 100× Depth
Probe Array DNA Methylation Fluorescence Detection
Illumina 芯片技术平台
v2.0
金标准平台
产品说明

全基因组测序技术服务商

中科普瑞提供高通量全基因组测序完整服务,从样本处理到深度生信分析的一站式解决方案,支持多种测序深度与分析定制。

技术优势

WGS 核心技术优势

全基因组覆盖 + 单碱基分辨率 + 全面变异检测,一站式支撑各类组学研究

全基因组覆盖

覆盖人类基因组全部区域,包括编码区、非编码区及调控元件,无探针设计偏倚。

单碱基分辨率

达到单核苷酸级分辨率,精确识别 SNP、InDel、SV 等多种变异类型。

多类型变异检测

一次性检测 SNP、InDel、CNV、SV 及拷贝数变异,全面解析基因组特征。

深度灵活定制

支持 30× 标准深度至 100× 以上高深度定制,满足不同研究场景与精度需求。

全面变异注释

整合 ClinVar、gnomAD、1000G 等多数据库注释,提供功能影响与临床意义解读。

高通量测序平台

配备主流高通量测序平台,稳定产出高质量数据,支持大样本量并行交付。

服务流程

全流程标准化技术路线

从样本接收到报告交付,全流程透明可追溯

1

样本接收

样本签收核对
编号录入系统

2

DNA 提取

核酸提取纯化
浓度质量检测

3

文库构建

DNA 片段化
接头连接与扩增

4

上机测序

高通量测序
数据实时监控

5

生信分析

变异检测注释
多维度分析挖掘

6

报告交付

分析报告
原始数据交付

服务方案

服务方案

标准方案满足常规需求,定制方案支持特殊样本与深入分析

方案名称 测序深度 适用场景 起始量 周期 操作
WGS 30× 标准
热门
30× 平均测序深度 基因组变异检测、群体遗传学、队列研究 1 μg DNA 视项目而定 咨询报价 →
WGS 50× 深度
推荐
50× 平均测序深度 肿瘤基因组、低频变异检测、临床研究 1 μg DNA 视项目而定 咨询报价 →
WGS 高级分析
深度解析
30×/50× + 高级分析 家系分析、肿瘤进化、结构变异、功能组学 1 μg DNA 视项目而定 咨询报价 →

不确定选哪个方案?

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测序技术选型器
样本要求

样本要求

多种样本类型兼容,专业技术人员全程指导样本准备

样本类型 推荐起始量 最低起始量 运输条件 注意事项
组织样本 ≥ 20 mg 组织 / ≥ 1 μg DNA ≥ 5 mg / ≥ 500 ng DNA -80℃ 冻存,干冰运输 取新鲜组织迅速液氮速冻,避免反复冻融;肿瘤样本注意瘤体占比
细胞样本 ≥ 1×10⁶ 细胞 / ≥ 1 μg DNA ≥ 5×10⁵ 细胞 / ≥ 500 ng DNA 细胞沉淀 -80℃ 冻存,干冰运输 离心收集细胞后PBS洗涤,去除上清后立即冻存
全血样本 ≥ 500 μL 全血 / ≥ 1 μg DNA ≥ 200 μL / ≥ 500 ng DNA EDTA 抗凝,-20℃ 或 -80℃ 冻存 使用 EDTA 抗凝管,禁止使用肝素抗凝;避免溶血
FFPE 样本 ≥ 5 片 / ≥ 1 μg DNA ≥ 2 片 / ≥ 250 ng DNA 常温运输,避免高温潮湿 建议使用1年内制备的切片,肿瘤细胞含量≥20%
cfDNA 样本 ≥ 200 ng cfDNA ≥ 100 ng cfDNA(需评估) 使用 cfDNA 专用采血管,4℃ 运输 建议使用 cfDNA 采血管,采血后及时分离血浆
生信分析交付

生信分析 · 三级分析体系

从原始测序数据到生物学洞见,标准化三级分析体系 + 定制化高级分析模块

标准分析

基础研究必备,覆盖全流程标准分析项

分析内容 解决问题
数据质控与预处理 原始数据质量过滤,确保后续分析可靠性
变异检测与注释 SNP / InDel / CNV / SV 全面检测与多数据库注释
变异质量过滤 基于质量值、覆盖深度、等位基因平衡等多维度过滤
主成分分析(PCA) 解析群体遗传结构与样本分层特征
显著性变异筛选 病例对照关联分析筛选显著相关变异位点
拷贝数变异(CNV)分析 全基因组范围内鉴定大片段缺失与扩增事件
基因功能注释 将变异位点关联到基因功能与调控区域
GO/KEGG富集分析 解析候选基因的功能与信号通路富集

高级分析

深入挖掘数据价值,助力高水平论文发表

分析内容 解决问题
结构变异(SV)分析 全基因组范围内鉴定缺失、插入、倒位、易位等结构变异
肿瘤纯度与免疫浸润评估 基于基因组变异特征推断肿瘤纯度与克隆进化关系
生存分析与预后模型构建 构建基因组变异标志物预后风险评分模型
家系与新生突变分析 基于家系样本鉴定新生突变与孟德尔遗传病致病变异
基因集合富集分析(GSEA) 在基因集与通路水平评估变异富集趋势与功能影响
基因组-转录组多组学联合分析 整合基因组变异与转录组表达,解析调控机制与疾病通路

定制分析

课题专属定制方案,满足个性化研究需求

分析内容 解决问题
课题方案定制设计 根据研究目标定制实验与分析方案
个性化图形绘制 按期刊要求调整图表样式与格式
表观星云平台数据挖掘 云端自主分析与可视化数据挖掘
论文发表支持 方法部分撰写协助与审稿答疑

* 具体分析内容可根据研究需求灵活调整,详询技术顾问

质量控制

多重质控保障体系

四大质控环节 + 国际认证体系,确保数据可靠性

样本质控

浓度、纯度、完整性三重检测,不合格样本及时沟通

实验质控

文库质控 + 测序质控,文库浓度与Q30双监控

数据质控

Q30 ≥ 90%,比对率 ≥ 99%,覆盖度均一性高

全流程溯源

LIMS 系统管理,样本-实验-数据全程可追溯

CAP
CAP 认证
美国病理学家协会
+
ISO
9001
ISO 9001 认证
质量管理体系
+
高通量
测序平台
高通量测序技术
测序技术服务商
合作案例

合作案例 · 文献解读

与科研工作者共同推进高水平研究,精选全基因组测序领域代表性合作文献深度解读

肿瘤研究
IF 20.2
肿瘤全基因组测序 · Hepatology, 2024

全基因组测序解析肝细胞癌克隆进化与转移机制

通过多区域全基因组测序解析肝细胞癌的克隆结构与进化轨迹,鉴定驱动突变与转移克隆的起源关系,为肝癌精准诊疗与预后评估提供基因组学依据。

技术路线:全基因组测序 + 克隆进化分析 + 多区域比较
原文:Wu et al. Nat Genet. 2024 May;56(5):846-860.
合作单位:中科院分子细胞科学卓越创新中心、中山医院
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肿瘤研究
IF 23.3
遗传病研究 · Brain, 2024

全基因组测序鉴定罕见神经退行性疾病新致病基因

利用全基因组测序技术对罕见神经退行性疾病家系样本进行分析,结合连锁分析与功能验证,鉴定出全新致病基因及其致病机制,为疾病的分子诊断与基因治疗提供靶点。

技术路线:全基因组测序 + 家系连锁分析 + 功能验证
原文:Li et al. Brain. 2024 Jul 1;147(7):2045-2060.
合作单位:复旦大学附属华山医院、中科院神经科学研究所
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人群队列
IF 8.3
中国人群参考基因组 · Cell Genomics, 2024

中国人群全基因组测序构建高精度人群参考面板

对中国不同地区代表性人群样本进行全基因组深度测序,构建高精度的中国人群单倍型参考面板,填补东亚人群基因组变异资源空白,助力精准医学研究。

技术路线:全基因组深度测序 + 变异检测 + 人群参考面板构建
原文:Wang et al. Cell Genomics. 2024 Jun 12;4(6):100645.
合作单位:上海交通大学、中国医学科学院
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更多合作成果与文献解读

合作发表论文,覆盖肿瘤基因组、遗传病、人群队列、动植物基因组等研究方向

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即将推出

上传 WGS 变异 VCF 文件,自动完成多数据库注释(ClinVar、gnomAD、OMIM、HGMD 等)、有害性预测、ACMG 分级解读,生成专业变异解读报告,支持家系共分离分析与自定义基因列表筛选。

多数据库注释 ACMG 分级 家系分析
敬请期待
常见问题

FAQ

关于全基因组测序服务,您可能想了解的问题

1. 全基因组测序(WGS)和全外显子测序(WES)有什么区别?
WGS 与 WES 的核心差异在于覆盖范围与应用场景:
对比项 WGS WES
覆盖范围 全基因组(~3Gb) 仅外显子区(~30Mb)
变异类型 SNV/InDel/CNV/SV SNV/InDel + 部分 CNV
非编码区 全面覆盖 不覆盖
数据量 大(~90G/30×) 小(~8G/100×)
成本 较高 较低
选择建议:如果需要全面检测基因组变异、研究非编码区或结构变异,选 WGS;如果仅关注编码区突变、预算有限,WES 是更经济的选择。两者并非替代关系,可根据研究目的灵活搭配。
3. WGS 和 SNP 芯片怎么选?
两者各有优势,选择取决于研究目的:
SNP 芯片适合大样本队列研究、全基因组关联分析(GWAS)、基因型填充参考面板构建。优点是成本低、通量高、数据标准化程度高;缺点是仅覆盖已知 SNP 位点,无法发现新变异,对稀有变异和结构变异检测能力有限。
WGS适合发现型研究、精准医学、遗传病诊断、结构变异检测等。优点是全基因组覆盖、单碱基分辨率、可检测所有类型的变异;缺点是成本较高、数据量大、分析周期长。
建议策略:对于大队列研究,可以先用 SNP 芯片做初筛,再用 WGS 对关键样本进行深度验证;对于需要全面变异信息的研究,直接选择 WGS。
4. FFPE 样本可以做 WGS 吗?
可以的。FFPE 样本可以进行 WGS 检测,但需要注意以下几点:(1)FFPE 样本的 DNA 通常存在不同程度的降解和修饰,文库构建成功率与样本质量密切相关;(2)建议使用 2 年以内的石蜡包埋样本,肿瘤细胞含量不低于 30%,以确保获得足够的数据量;(3)FFPE 样本可能存在较高的 C→T 假阳性变异,分析时需要进行专门的 FFPE 变异校正;(4)建议提供至少 8-10 张切片以满足 DNA 提取需求。送样前我们会先进行样本质量评估,确保实验成功率。
5. 最低需要多少 DNA 起始量?
标准 WGS 方案推荐起始量为 1-2μg 高质量 DNA(OD260/280 在 1.8-2.0 之间)。对于微量样本(如 FFPE、cfDNA、穿刺样本),我们提供低起始量建库方案,可低至 200-500ng。需要注意的是,起始量越低,测序数据的均一性可能会受到一定影响。如果您的样本量特别稀少,请先联系技术顾问进行可行性评估,我们会根据样本质量给出专业建议。
7. 标准分析包含哪些内容?
标准分析包含:原始数据质控(FastQC)、参考基因组比对(BWA-MEM)、比对统计与覆盖度分析、SNV/InDel 检测与过滤、拷贝数变异(CNV)检测、结构变异(SV)检测、变异功能注释(VEP/SnpEff)、变异频率数据库注释(gnomAD/1000G/ESP 等)、GO/KEGG/Reactome 通路富集分析、多种可视化图表(Circos图/曼哈顿图/热图/火山图等),以及原始 Fastq 和比对 BAM 文件交付。具体分析内容可根据项目需求微调。
8. 可以只做测序不做分析吗?
可以的。我们支持仅测序服务(含样本质控+文库构建+上机测序+原始数据交付),价格会相应优惠。如果您有自己的生信分析团队,只需要原始 Fastq 数据,这是一个经济实惠的选择。同时我们也提供基础比对与质控报告作为可选加项。
9. 数据交付格式是什么?
我们交付的数据包括:原始 Fastq 文件、比对后的 BAM 文件及索引、变异 VCF 文件(SNV/InDel/CNV/SV)、变异注释表格(XLSX/CSV 格式)、完整的生信分析报告(PDF 或 HTML 格式)和高质量可视化图(PNG/PDF 格式)。数据通过云盘下载链接交付,支持长期存储。
10. 可以提供原始 Fastq 文件吗?
是的,我们提供完整的原始 Fastq 文件交付。Fastq 是高通量测序的原始数据格式,可以使用 GATK、bwa、samtools 等常用生物信息学工具自行进行分析处理。所有项目均默认交付原始 Fastq 文件,确保您的数据所有权和后续分析的灵活性。
11. 如何寄送样本?
不同样本类型的寄送方式不同:
组织/细胞/cfDNA使用干冰运输,泡沫箱密封,建议使用顺丰冷链或专业生物样本物流。
全血EDTA 抗凝管,冰袋低温运输(48 小时内送达可使用冰袋,超过 48 小时建议干冰)。
FFPE 切片/蜡块常温运输即可,避免高温潮湿。
寄送前请联系我们获取样本编号和送样单,我们也可以上门取样(部分城市)。

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