基因组研究 全外显子组测序

全外显子组测序(WES)
高性价比编码区深度测序

Agilent V8 捕获平台 · 全编码区覆盖 · 高深度变异检测

35.1Mb
靶标区域
80-200×
测序深度
99%+
靶标覆盖度
AgilentV8
捕获平台
Whole Exome Sequencing 80× - 200× Depth
Probe Array DNA Methylation Fluorescence Detection
Agilent 捕获平台
v2.0
Agilent V8 平台
产品说明

全外显子测序技术服务商

中科普瑞采用 Agilent SureSelect 人全外显子 V8 捕获平台,靶向基因组全部蛋白质编码区域进行高深度测序。以高性价比聚焦功能编码区,适用于孟德尔遗传病、复杂疾病、肿瘤驱动基因等多方向研究。

技术优势

WES 核心技术优势

Agilent V8 捕获平台 + 全编码区覆盖 + 灵活定制,高性价比支撑各类医学研究

Agilent V8 捕获平台

采用安捷伦 SureSelect 人全外显子 V8 捕获 panel,设计大小 41.6 Mb,靶标区域 35.1 Mb,覆盖 RefSeq、CCDS、GENCODE 蛋白编码区。

全面内容覆盖

包含 TERT 启动子等难捕获外显子,基于机器学习的探针设计,高效覆盖包括难捕获区域在内的更多外显子。

灵活定制扩展

可轻松添加 UTR 区域用于转化研究、COSMIC 数据库内容用于癌症研究,或根据特定应用需求定制捕获内容。

高深度高覆盖

支持 80× 至 200× 以上高深度测序,靶标区域覆盖度 ≥ 99%,准确检测疾病相关的常见及稀有变异。

专业生信分析

提供从标准分析到高级分析的三级分析体系,支持家系共分离、连锁分析、富集分析等多种专业分析模块。

多研究方案支持

提供孟德尔遗传病、复杂疾病、肿瘤驱动基因三大研究方案,配套专业分析流程与项目经验丰富的技术团队。

服务流程

全流程标准化技术路线

从样本接收到报告交付,全流程透明可追溯

1

样本接收

样本签收核对
编号录入系统

2

DNA 提取

核酸提取纯化
浓度质量检测

3

靶向捕获建库

探针杂交捕获
文库构建与扩增

4

上机测序

高通量测序
数据实时监控

5

生信分析

变异检测注释
多维度分析挖掘

6

报告交付

分析报告
原始数据交付

服务方案

服务方案

标准方案满足常规需求,定制方案支持特殊样本与深入分析

方案名称 测序深度 适用场景 起始量 周期 操作
WES 基础版 80X
热门
80× 平均测序深度 孟德尔遗传病、单基因病、Germline 变异检测 1 μg DNA 视项目而定 咨询报价 →
WES 加强版 100X
推荐
100× 平均测序深度 复杂疾病、case-control 研究、低频变异检测 1 μg DNA 视项目而定 咨询报价 →
WES 深度版 150X+100X
深度解析
肿瘤 150X + 正常 100X 配对 肿瘤驱动基因研究、体细胞突变检测、配对样本分析 1 μg DNA 视项目而定 咨询报价 →

不确定选哪个方案?

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测序技术选型器
研究方案

三大研究方案

针对不同研究方向提供专业化全外显子测序研究方案,覆盖遗传病、复杂疾病与肿瘤研究

方案一

孟德尔遗传病研究方案

鉴定孟德尔遗传疾病中的致病位点,适用于单基因遗传病的基因发现与分子诊断研究。

样本要求
患病个体 + 核心家系成员(系谱图、临床表型)
推荐深度
≥ 80X
遗传模式
AD / AR / 伴性遗传
方案二

复杂疾病研究方案

探索复杂疾病的致病机制,寻找与疾病显著相关的致病和易感位点,适用于多基因病研究。

样本要求
Case-control 散发样本各 > 200 例 或家系样本
推荐深度
≥ 80X
研究策略
基于家系 / 基于散发人群
方案三

肿瘤驱动基因研究方案

利用配对的肿瘤样本进行高通量测序,检测导致肿瘤发生的 Driver mutation,助力肿瘤精准诊疗研究。

样本要求
肿瘤 + 配对正常样本(血液/新鲜冰冻/FFPE)
推荐深度
肿瘤 ≥ 150X / 正常 ≥ 100X
分析内容
体细胞突变 + 驱动基因 + 突变频谱
样本要求

样本要求

多种样本类型兼容,专业技术人员全程指导样本准备

样本类型 推荐起始量 最低起始量 运输条件 注意事项
组织样本 ≥ 20 mg 组织 / ≥ 1 μg DNA ≥ 5 mg / ≥ 500 ng DNA -80℃ 冻存,干冰运输 取新鲜组织迅速液氮速冻,避免反复冻融;肿瘤样本注意瘤体占比
细胞样本 ≥ 1×10⁶ 细胞 / ≥ 1 μg DNA ≥ 5×10⁵ 细胞 / ≥ 500 ng DNA 细胞沉淀 -80℃ 冻存,干冰运输 离心收集细胞后PBS洗涤,去除上清后立即冻存
全血样本 ≥ 500 μL 全血 / ≥ 1 μg DNA ≥ 200 μL / ≥ 500 ng DNA EDTA 抗凝,-20℃ 或 -80℃ 冻存 使用 EDTA 抗凝管,禁止使用肝素抗凝;避免溶血
FFPE 样本 ≥ 5 片 / ≥ 1 μg DNA ≥ 2 片 / ≥ 250 ng DNA 常温运输,避免高温潮湿 建议使用1年内制备的切片,肿瘤细胞含量≥20%
cfDNA 样本 ≥ 200 ng cfDNA ≥ 100 ng cfDNA(需评估) 使用 cfDNA 专用采血管,4℃ 运输 建议使用 cfDNA 采血管,采血后及时分离血浆
生信分析交付

生信分析 · 三级分析体系

从原始测序数据到生物学洞见,标准化三级分析体系 + 定制化高级分析模块

标准分析

基础研究必备,覆盖全流程标准分析项

分析内容 解决问题
数据质控与预处理 原始数据质量过滤,确保后续分析可靠性
变异检测与注释 SNV / InDel 全面检测 + 外显子水平 CNV 分析与多数据库注释
变异质量过滤 基于质量值、覆盖深度、等位基因平衡等多维度过滤
主成分分析(PCA) 解析群体遗传结构与样本分层特征
显著性变异筛选 病例对照关联分析筛选显著相关变异位点
拷贝数变异(CNV)分析 全基因组范围内鉴定大片段缺失与扩增事件
基因功能注释 将变异位点关联到基因功能与调控区域
GO/KEGG富集分析 解析候选基因的功能与信号通路富集

高级分析

深入挖掘数据价值,助力高水平论文发表

分析内容 解决问题
结构变异(SV)分析 全基因组范围内鉴定缺失、插入、倒位、易位等结构变异
肿瘤纯度与免疫浸润评估 基于基因组变异特征推断肿瘤纯度与克隆进化关系
生存分析与预后模型构建 构建基因组变异标志物预后风险评分模型
家系与新生突变分析 基于家系样本鉴定新生突变与孟德尔遗传病致病变异
基因集合富集分析(GSEA) 在基因集与通路水平评估变异富集趋势与功能影响
基因组-转录组多组学联合分析 整合基因组变异与转录组表达,解析调控机制与疾病通路

定制分析

课题专属定制方案,满足个性化研究需求

分析内容 解决问题
课题方案定制设计 根据研究目标定制实验与分析方案
个性化图形绘制 按期刊要求调整图表样式与格式
表观星云平台数据挖掘 云端自主分析与可视化数据挖掘
论文发表支持 方法部分撰写协助与审稿答疑

* 具体分析内容可根据研究需求灵活调整,详询技术顾问

分析图表展示

8 大类专业分析图表

从突变分布到功能富集,全方位展示全外显子组测序分析结果

突变频率分布图

24条染色体上每兆区域突变频率分布

突变功能分布图

基因区域分布与变异类型饼图展示

拷贝数变异区间图

样本拷贝数变异区间展示(CNV)

体细胞突变频谱图

体细胞突变率及突变类型比例展示

体细胞突变热图

多样本体细胞突变 heatmap 展示

GO 富集分析图

体细胞突变富集分析气泡图展示

连锁分析 LOD 图

家系连锁分析 LOD 图及单倍型图

曼哈顿图

全基因组关联分析显著性展示

质量控制

多重质控保障体系

四大质控环节 + 国际认证体系,确保数据可靠性

样本质控

浓度、纯度、完整性三重检测,不合格样本及时沟通

实验质控

文库质控 + 测序质控,文库浓度与Q30双监控

数据质控

Q30 ≥ 90%,靶标覆盖度 ≥ 99%,覆盖均一性优异

全流程溯源

LIMS 系统管理,样本-实验-数据全程可追溯

CAP
CAP 认证
美国病理学家协会
+
ISO
9001
ISO 9001 认证
质量管理体系
+
Agilent
捕获平台
Agilent 官方认证合作伙伴
SureSelect V8 捕获试剂
合作案例

合作案例 · 文献解读

与科研工作者共同推进高水平研究,精选外显子测序领域代表性合作文献深度解读

遗传病研究
IF 15.5
孟德尔遗传病研究 · Am J Hum Genet, 2023

全外显子测序鉴定罕见骨发育不良新致病基因

通过对多发骨发育不良家系样本进行全外显子组测序与连锁分析,成功鉴定全新致病基因及其突变位点,经功能验证明确致病机制,为该疾病的分子诊断与遗传咨询提供重要依据。

技术路线:WES + 家系连锁分析 + 功能验证
原文:Zhang et al. Am J Hum Genet. 2023;110(8):1432-1445.
合作单位:上海交通大学医学院附属第九人民医院
中科普瑞提供技术服务 查看原文 →
肿瘤研究
IF 12.6
肿瘤驱动基因研究 · Cancer Res, 2023

全外显子组测序揭示胰腺癌驱动基因图谱

利用配对肿瘤-正常样本全外显子组测序,系统分析胰腺癌体细胞突变谱与驱动基因,鉴定多个潜在治疗靶点,为胰腺癌精准治疗与预后评估提供基因组学依据。

技术路线:WES 肿瘤150X + 正常100X + 体细胞突变分析
原文:Liu et al. Cancer Res. 2023;83(15):2745-2758.
合作单位:复旦大学附属肿瘤医院
中科普瑞提供技术服务 查看原文 →
复杂疾病
IF 9.5
复杂疾病 GWAS · Nat Commun, 2023

全外显子组关联分析发现银屑病新易感基因

通过大规模病例-对照全外显子组测序关联分析,鉴定多个银屑病易感基因与稀有功能变异,揭示免疫调节通路在银屑病发病机制中的重要作用。

技术路线:WES 100X + 关联分析 + 富集分析
原文:Wang et al. Nat Commun. 2023;14(1):3842.
合作单位:安徽医科大学第一附属医院
中科普瑞提供技术服务 查看原文 →

更多合作成果与文献解读

合作发表论文,覆盖肿瘤基因组、遗传病、人群队列、动植物基因组等研究方向

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相关智能工具

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上传 WES 变异 VCF 文件,自动完成多数据库注释(ClinVar、gnomAD、OMIM、HGMD 等)、有害性预测、ACMG 分级解读,生成专业变异解读报告,支持家系共分离分析与自定义基因列表筛选。

多数据库注释 ACMG 分级 家系分析
敬请期待
常见问题

FAQ

关于全外显子测序服务,您可能想了解的问题

1. 全外显子测序(WES)和全基因组测序(WGS)有什么区别?
WES 与 WGS 的核心差异在于覆盖范围与应用场景:
对比项 WGS WES
覆盖范围 全基因组(~3Gb) 外显子区(~35Mb)
变异类型 SNV/InDel/CNV/SV SNV/InDel + 外显子CNV
测序深度 30-50X 80-200X
成本 较高 较低
稀有变异检测 灵敏度中等 高灵敏度(高深度)
选择建议:如果研究关注编码区变异、需要高深度检测稀有变异或预算有限,WES 是更经济的选择;如果需要全面检测全基因组变异(包括非编码区、结构变异),选择 WGS。
2. 为什么选择 Agilent SureSelect V8 捕获平台?
Agilent SureSelect V8 是目前市场上性能优异的外显子捕获平台之一,其主要优势包括:(1)设计大小仅 41.6 Mb,靶标区域 35.1 Mb,覆盖 RefSeq、CCDS 和 GENCODE 蛋白编码区;(2)包含 TERT 启动子等其他平台常忽略的难捕获外显子;(3)基于机器学习的探针设计,捕获效率和均一性更好;(4)支持灵活扩展,可添加 UTR、COSMIC 或定制内容。中科普瑞采用 Agilent 官方认证的 SureSelect V8 捕获试剂,确保实验质量与数据可靠性。
4. FFPE 样本可以做 WES 吗?
可以的。FFPE 样本可以进行 WES 检测,但需要注意:(1)FFPE 样本 DNA 存在不同程度的降解和修饰,捕获效率可能受影响;(2)建议使用 2 年以内的石蜡包埋样本,肿瘤细胞含量不低于 20%;(3)FFPE 样本可能存在较高的 C→T 假阳性变异,分析时需要进行 FFPE 变异校正;(4)建议提供至少 8-10 张切片以满足 DNA 提取需求。送样前我们会先进行样本质量评估,确保实验成功率。
5. WES 需要多少 DNA 起始量?
标准 WES 方案推荐起始量为 1 μg 高质量 DNA(OD260/280 在 1.8-2.0 之间)。对于微量样本(如 FFPE、穿刺样本),我们提供低起始量建库方案,可低至 200-500 ng。需要注意的是,起始量越低,捕获均一性可能会受到一定影响。如果您的样本量特别稀少,请先联系技术顾问进行可行性评估。
7. 标准分析包含哪些内容?
标准分析包含:原始数据质控(FastQC)、参考基因组比对(BWA-MEM)、比对统计与目标区域覆盖度分析、SNV/InDel 检测与过滤、外显子水平 CNV 检测、变异功能注释(VEP/SnpEff)、变异频率数据库注释(gnomAD/1000G/ESP 等)、GO/KEGG 通路富集分析、多种可视化图表(突变分布图/功能分布图/热图/富集气泡图等),以及原始 Fastq 和比对 BAM 文件交付。具体分析内容可根据项目需求微调。
8. 可以定制捕获区域吗?
可以的。Agilent SureSelect 平台支持灵活的定制化捕获设计。我们提供多种定制选项:(1)在 V8 全外显子基础上扩展 UTR 区域,适用于关注非翻译区调控的研究;(2)添加 COSMIC 数据库内容,增强肿瘤研究中的已知癌症相关变异覆盖;(3)完全定制 panel,根据您的研究需求设计特定基因或区域的捕获探针。定制 panel 的设计周期和起订量要求请咨询技术顾问。
9. 数据交付格式是什么?
我们交付的数据包括:原始 Fastq 文件、比对后的 BAM 文件及索引、变异 VCF 文件(SNV/InDel/CNV)、变异注释表格(XLSX/CSV 格式)、完整的生信分析报告(PDF 或 HTML 格式)和高质量可视化图(PNG/PDF 格式)。数据通过云盘下载链接交付,支持长期存储。
10. 家系样本 WES 分析包括哪些内容?
家系样本 WES 分析是孟德尔遗传病研究的核心方案,除标准分析内容外,还包括:(1)家系共分离分析,根据 AD/AR/X-连锁等遗传模式筛选符合的变异;(2)新生突变(de novo)分析,适用于三联体家系;(3)连锁分析,生成 LOD 值与单倍型图,定位致病区域;(4)有害性预测整合,包括 SIFT、PolyPhen2、MutationTaster 等多种算法;(5)ACMG 变异分级解读。家系分析需要提供系谱图和临床表型信息,我们的生信团队会根据具体情况设计分析策略。

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