转录组研究 Small RNA测序

Small RNA测序
精准定量 · 多维度小RNA解析

基于QIAseq miRNA建库方案与UMI分子条形码技术,对18~30nt小RNA进行高通量检测,实现已知miRNA鉴定、新miRNA预测及靶基因功能富集分析

UMI技术
精准无偏倚定量
6+类样本
组织/细胞/血浆/外泌体
三级分析
标准+高级+定制
6大应用
肿瘤/疾病/药物/发育
Small RNA-seq SE 50 · 20M reads
Dicer ~22 nt miRNA UMI Barcode miRNA piRNA siRNA 18~30 nt Small RNA Profiling
UMI精准定量
v1.0
UMI分子条形码
产品概述

Small RNA测序 · 从表达谱到调控机制的深度解析

Small RNA(小RNA)是指长度在18~30nt的内源性RNA,包括miRNA、siRNA、piRNA等,在mRNA的转录及转录后水平调控中发挥重要作用,参与细胞生长、分化、代谢等生物学过程。Small RNA测序基于高通量测序平台对目标样本的小RNA进行大规模检测,同时发现新的小RNA,结合生物信息学挖掘其功能、结构和调控机制。miRNA是小RNA中最主要的部分,广泛应用于疾病诊断、个性化治疗和预后等领域。

应用领域

肿瘤标志物筛选
疾病诊断与预后
药效研究
生长发育调控
疾病发展机制
药物研发
技术原理与实验流程

标准化实验流程 · 严谨技术方案

基于QIAseq miRNA建库方案,UMI分子条形码技术实现精准无偏倚定量

技术特点

基于QIAseq miRNA建库方案,分子条形码(UMI)技术实现精准无偏倚定量
有效避免接头二聚体污染
兼容组织、细胞、FFPE、血浆、外泌体等多种样本类型
已知miRNA鉴定 + 新miRNA预测

测序策略

测序模式 SE 50(单端50bp)
推荐数据量 ≥ 20 M clean reads /样本
数据质量 Q30 ≥ 85%
W

实验流程

1

总RNA抽提

总RNA提取
保留小RNA组分

2

小RNA富集

PAGE胶回收
18-30nt片段

3

建库与扩增

3'/5'接头连接
反转录含UMI

4

质检与测序

文库质检
高通量测序

5

生信分析

鉴定定量
靶基因分析

技术优势

核心技术优势 · 稳定可靠

丰富项目经验与专业技术团队,保障实验质量与分析深度

丰富样本处理经验

针对易降解、微量样本有专门解决方案,保障小RNA提取质量

多样化建库能力

兼容FFPE、血浆、外泌体等特殊样本,适应不同研究场景

UMI分子条形码

精准无偏倚定量,减少PCR扩增偏差,真实反映样本表达水平

标准化分析流程

标准+高级+定制三级分析体系,满足不同深度研究需求

项目经验丰富

协助客户发表多篇相关文章,提供从实验设计到论文支持的全程服务

专业技术支持

专业技术团队提供一对一咨询,从方案设计到结果解读全程保障

技术参数

测序策略与技术参数

标准测序策略,保障数据质量与分析深度

参数项目 说明
测序模式 SE 50(单端50bp)
推荐数据量 ≥ 20 M clean reads /样本
数据质量标准 Q30 ≥ 85%
建库方案 QIAseq miRNA建库方案(含UMI分子条形码)
检测范围 miRNA、siRNA、piRNA、tRNA、snoRNA、snRNA等18~30nt小RNA
项目周期 视项目而定
生信分析内容

三级分析体系 · 深度挖掘

从数据质控到调控网络构建,提供系统化生物信息分析

S

标准分析

数据质控与过滤

原始数据质控、接头去除、低质量reads过滤

小RNA分类注释

miRNA / piRNA / siRNA / tRNA / snoRNA / snRNA 分类注释

miRNA鉴定与定量

已知miRNA鉴定与定量分析 + 新miRNA预测

样本表达相关性

样本间miRNA表达相关性分析与PCA分析

差异miRNA分析

组间差异miRNA筛选、火山图、聚类热图

靶基因预测

TargetScan / miRanda 靶基因预测分析

功能富集分析

靶基因 GO / KEGG 富集分析

A

高级分析(可选)

miRNA家族分析
时间序列分析
miRNA调控网络
ceRNA联合分析
临床指标关联
标志物筛选
ROC / LASSO
WGCNA共表达
定制化分析
样本要求

样本要求与送样指南

多种样本类型兼容,专业样本处理保障实验质量

样本类型与送样量

样本类型 送样要求 保存与运输
组织样本 绿豆粒大小(约50-100mg),RNAlater或Trizol保存 液氮速冻后-80℃保存,干冰运输
细胞样本 1×10^6个细胞,Trizol裂解保存 -80℃保存,干冰运输
全血样本 2.5ml(PAXgene管)或3ml(EDTA管) PAXgene管可常温运输;EDTA管需尽快分离
血清/血浆 1ml血清或血浆 -80℃保存,干冰运输,避免反复冻融
其他类型 尿液、外泌体等其他样本类型可沟通咨询 根据样本类型选择合适的保存运输方式

注意事项

小RNA样本需使用保留小RNA的专用提取方法,避免在常规RNA提取过程中丢失小RNA组分。如对样本质量有疑问,建议先进行样本质检评估。

服务方案

灵活服务方案 · 按需选择

基础/高级/定制三级方案,满足不同研究深度需求

基础方案

标准小RNA测序与基础分析,适合初步探索研究

  • SE50测序,≥20M reads
  • 数据质控与小RNA分类注释
  • 已知miRNA鉴定与定量
  • 差异miRNA分析
  • 靶基因预测与GO/KEGG富集
咨询方案
推荐

高级方案

包含基础方案全部内容 + 高级分析模块,深入挖掘调控机制

  • 基础方案全部内容
  • 新miRNA预测分析
  • miRNA家族分析
  • miRNA调控网络构建
  • 标志物筛选(ROC/LASSO)
咨询方案

定制方案

根据研究方向和需求,量身定制实验设计与分析方案

  • 个性化实验设计与方案咨询
  • ceRNA联合分析 / WGCNA
  • 临床指标关联分析
  • 时间序列分析
  • 其他定制化分析需求
咨询方案
常见问题

FAQ 常见问题解答

关于Small RNA测序服务,您可能想了解的问题

1. Small RNA测序和芯片检测相比有什么优势?
Small RNA测序相较于芯片平台具有以下优势:
检测范围更广:测序不仅可以检测已知miRNA,还能发现新的miRNA和其他类型小RNA(piRNA、siRNA等),而芯片只能检测已有探针的已知序列。
定量更准确:测序通过直接计数方式进行定量,结合UMI技术可进一步消除PCR偏差,动态范围更宽,低丰度和高丰度转录本都能准确定量。
物种限制少:对于基因组注释不全或非模式物种,测序不受探针设计限制,可进行跨物种比较研究。
2. UMI分子条形码有什么作用?对实验有什么好处?
UMI(Unique Molecular Identifier,唯一分子标识符)是在反转录步骤中给每个原始RNA分子加上的一段随机条形码序列,其主要作用包括:
消除PCR扩增偏差:不同序列的扩增效率存在差异,PCR会引入定量偏差。通过UMI可以追溯到原始分子数,避免因扩增效率不同导致的定量误差。
提高定量准确性:基于原始分子数进行定量,而非扩增后的reads数,定量结果更加真实可靠,特别适合低丰度样本和需要精确定量的研究。
降低技术重复差异:UMI校正后,技术重复之间的相关性更高,数据重复性更好。
3. 血浆/血清中的miRNA含量很低,能保证检测质量吗?
血浆/血清中miRNA的含量确实较低,但通过优化的实验方案可以保证检测质量:
专用提取方法:采用保留小RNA的专用RNA提取方法,确保小RNA组分不丢失,提高提取效率。
优化建库流程:QIAseq建库方案对低起始量样本有较好的兼容性,UMI技术进一步提升低丰度miRNA的定量准确性。
合理测序深度:推荐≥20M clean reads的数据量,确保绝大多数已知miRNA都能被有效覆盖和定量。
如您的样本量特别少或质量存疑,建议先进行样本质检,我们会根据质检结果给出专业建议。
4. 靶基因预测是怎么做的?结果怎么选?
miRNA靶基因预测基于序列互补性和保守性等特征进行计算预测,我们使用多种主流算法进行联合分析:
TargetScan:基于种子序列匹配和物种保守性进行预测,是目前应用广泛的预测工具之一。
miRanda:基于序列互补性和自由能计算,对结合位点进行评分预测。
结果选择建议:建议同时使用至少两种算法取交集,提高预测结果的可靠性。同时需要注意,靶基因预测是基于计算的预测结果,实际靶基因需要通过实验验证(如双荧光素酶报告实验、qPCR验证等)进一步确认。
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