基于二代或三代高通量测序，对细菌基因组进行测序和分析，获得待测菌株基因组的编码和变异等信息，为研究其致病机制、共生机制等提供基础，同时通过比较基因组学方法，可研究菌株之间的进化关系和功能差异。
De novo 从头组装与基因组重测序，满足不同研究场景需求
从头组装，构建完整基因组序列，适合未知参考基因组的菌株或希望获得完整基因组图谱的研究。
比对参考基因组，检测变异信息，适合有近缘参考基因组的菌株变异检测、种群结构和进化研究。
| 对比维度 | De novo 测序 | 基因组重测序 |
|---|---|---|
| 研究目的 | 从头组装完整基因组，获得全基因组序列信息 | 与参考基因组比对，检测变异差异 |
| 适用场景 | 无参考基因组菌株、新菌株鉴定、完成图组装 | 已有近缘参考基因组、变异检测、进化研究 |
| 推荐平台 | 三代 PacBio/Nanopore（完成图）或 二代+三代混合组装 | 二代测序即可，成本较低 |
| 组装质量 | 可获得染色体级完成图，contig N50 高 | 无需组装，直接变异检测 |
从DNA抽提到生物信息分析，全流程标准化管控
基因组DNA提取
浓度完整性检测
测序文库构建
二代/三代测序
序列拼接
Gap closing
基因注释
比较基因组分析
基因组DNA提取
浓度纯度检测
测序文库构建
高通量测序
reads比对
变异检测
变异注释
进化分析
从基因组组装到功能注释、比较基因组，提供系统化生物信息分析
序列拼接、Gap closing、框架图/完成图组装，组装质量评估
基因预测、重复序列、非编码RNA、CRISPR、基因岛分析
GO / KEGG / COG / NR / Swiss-Prot 多数据库功能注释
进化树构建、亲缘关系分析、物种分类鉴定
核心基因、附属基因、特有基因家族分析，泛基因组特征解析
共线性分析、基因家族聚类、菌株间差异比较
CARD / ResFinder 数据库耐药基因鉴定与分型
VFDB 等数据库毒力因子注释与致病潜能评估
* 具体分析内容可根据研究需求灵活调整，详询技术顾问
平台 + 技术 + 分析 + 服务，全方位保障项目质量
二代与三代多平台可选，根据研究目的和预算灵活搭配。
三代长读长测序结合专业组装流程，可实现细菌基因组完成图级别组装，一条序列一条染色体。
耐药基因、毒力因子、CRISPR、基因岛等专项注释，多数据库联合，注释全面准确。
泛基因组分析、系统发育树构建、共线性分析，深入解析菌株间进化关系和功能差异。
标准化实验和分析流程，项目周期可控，确保按时交付高质量分析结果。
可根据研究需求定制生物信息分析内容，专业生信团队提供个性化分析方案。
细菌纯培养物或基因组DNA，专业技术人员全程指导样本准备
| 样本类型 | 推荐起始量 | 保存与运输 | 注意事项 |
|---|---|---|---|
| 细菌菌液 | ≥ 2 mL 对数生长期 | -20℃/-80℃ 保存，干冰运输 | 收集对数生长期菌液，离心收集菌体后PBS洗涤，去除上清后冻存；避免培养基残留 |
| 平板培养物 | 单菌落/菌苔 | 4℃ 保存，冰袋运输 | 使用新鲜培养的平板，确保为纯培养；运送前密封培养皿防止污染 |
| 基因组DNA | ≥ 2 μg （二代） ≥ 10 μg （三代） |
-20℃ 保存，冰袋或干冰运输 | DNA 完整性好，无降解；OD260/280=1.8-2.0；三代测序需高浓度高分子量DNA |
* 样本量不足或特殊样本请咨询技术顾问，送样前建议先进行样本质量评估
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